@Coplast, boa tarde.
Possivelmente a duplicidade está ocorrendo porque, na emissão da nota, você está selecionando a opção PIS/COFINS: retido e, além disso, no campo Retenção PIS/COFINS/CSLL está informando o valor das três retenções.
Se, neste momento, você ainda não estiver tratando corretamente a base e os valores de IBS/CBS, você pode adotar a opção 1, caso precise que as informações de IBS/CBS estejam corretas, recomendo a opção 2 :
Opção 1
Como você já está selecionando PIS/COFINS/CSLL: retido, informe no campo Retenção PIS/COFINS/CSLL apenas o valor da retenção da CSLL.
Opção 2 (Nesse momento estamos seguindo essa)
Seguir a recomendação descrita neste tópico do fórum (é a abordagem que estou utilizando atualmente):
https://forum.nfsebrasil.com.br/t/retencao-de-pis-cofins-inconsistencia-entre-pis-cofis-apuracao-propria-e-retencoes/432/3?u=maxuel.santana
Qualquer dúvida, seguimos alinhando.